コマンドライン（macの場合はターミナル、winの場合はコマンドプロンプトなど）から、対話環境を用いずにRを実行する。

バッチ処理

標準

cd "./hogehoge"
R --vanilla < train.R

コマンドライン上のカレントディレクトリが、実行されるRのワークディレクトリになるのでcdなどで移動する。

–vanilla：起動時にワークスペースファイルを読み込まない、終了時にワークスペースファイルを保存しないオプション。

コマンドライン

cd "./hogehoge"
R --vanilla --args 001 < train.R

R側

string <- commandArgs(T)

–args に続く部分（例では001）が、文字列としてcommandArgs(T)に渡される。

準備

コマンドライン

cd "./hogehoge"
Rscript -e "rmarkdown::render('hogehoge.R')"

cd: html化したいスクリプトファイルが置いてあるディレクトリへ移動します。これは、コマンドライン上のカレントディレクトリが、実行されるRのワークディレクトリになるため。

Rscript -e 以下で、Rを開かずにコマンドを実行します。rmarkdown::はlibrary(rmarkdown)と同じ意味です。

実際にはこのコマンドをバッチファイル（macやlinuxの人にはシェルスクリプト）にして、cronなどで自動化します（ファイルをダブルクリックでも実行できます）。

windows：上のようなコマンドをメモ帳で書き拡張子.batで保存する。
mac、linux：上のようなコマンドをメモ帳で書き拡張子.command .shで保存する。実行権限を設定する chmod u+x hogehoge.command